تعتبر تالفة البضاعة التي يتم تعطيلها بقرارأو بموافقة من إدارة الجمارك بسبب نوعيتها أو حالتها أو مخالفتها للقوانين المرعية الإجراء، لتصبح من دون قيمة. تتم عملية الإتلاف بحضور مندوبين عن إدارة الجمارك وإدارة المرفأ وصاحب العلاقة و الوزارات المعنية (بيئة، زراعة، إقتصاد الخ.).
كما يمكن، ولغايات تسديد الرسوم المرفئية، إعتبار البضاعة تالفة بالعودة إلى تقرير خبير معتمد أو مكلّف من إدارة واستثمار مرفأ بيروت وبموافقة مدير عام الإدارة.
تستوفى الرسوم قبل إتمام عملية الإتلاف وفقاً للتقسيم التالي لفئات البضائع:
أ-بضائع المستوعبات: تستوفي الإدارة فقط 50$ كرسم مرفأ (لا يشمل العتالة) عن كل مستوعب، مهما كان قياسه، بالإضافة إلى بدل قفل رصاصي. يُعفى المستوعب في هذه الحالة من رسوم الخزن، ولكن يتحمل أصحاب العلاقة التكاليف الفعلية لعملية الإتلاف كعتالة المستوعب (C9) والبضائع أو بدل التغذية الكهربائية أوغيرها. في هذه الحالة لا يُعمل بالمادة 22 لبدل التغذية الكهربائية بل تطبّق تعرفة إستثنائية وفق التالي: 33 $ عن كل يوم لمستوعب 20 قدم، و 37$عن كل يوم لمستوعب 40 قدم. ب-بضائع عامّة: يُستوفى رسم الترانزيت عن البضائع العامة المودعة في المستودعات العموميّة أو على الأرصفة أو في الباحات والتي يجري إتلافها بحسب الأصول، مع حد أدنى 50$. يشمل هذا الرسم عملية العتالة للتسليم في حالة البضائع المودعة في المستودعات العمومية، أما تلك المودعة على الأرصفة أو في الباحات فعتالتها غير مشمولة في رسم الحد الأدنى. تعفى البضائع التالفة من رسوم الخزن. أما بالنسبة للمستودعات الخاصّة في المنطقة الحرّة، فيُستوفى رسم 50$ عن كل طلب إدخال مهما كان وزن البضاعة. لا يشمل هذا الرسم عملية العتالة للتسليم.
ج- إتلاف أو تقطيع أو كبس آلية: يستوفى رسم الترانزيت عن كل آلية يتم تقطيعها أو كبسها مع حد أدنى 60$. كما يستوفى في هذه الحالة رسم خزن مقطوع بقيمة 100$ عن كل آلية.
يستوفى رسم إدخال معلومات (15$) مع كل تذكرة إتلاف.
يودع تأمين لدى صندوق الإدارة بقيمة الرسوم المتوجبة على البضائع فيما لو كانت غير تالفة، وذلك بالتوازي مع تسديد تذكرة الإتلاف، وذلك كضمانة إلى حين إتمام عملية الإتلاف وإبراز محضر إتلاف منظّم وموقّع وفق الأصول.
في حال تم الإتلاف خارج الأراضي اللبنانية، يجب على أصحاب العلاقة إبراز إفادة إتلاف صادرة عن جهة رسمية ومصدّقة من السفارة (أو القنصلية) اللبنانية في البلد المعني. على أن تكون الإفادة بلغة متداولة أو معرّبة لدى مترجم محلّف.